COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 5.687444 5.687444 5.908199
2021-05-26 17:00:00 5.079672 5.079672 5.977571
2021-05-25 17:00:00 4.623946 4.623946 6.006362
2021-05-24 17:00:00 7.429066 7.429066 6.159162
2021-05-23 17:00:00 6.192358 6.192358 6.314279
2021-05-22 17:00:00 5.620896 5.620896 6.421378
2021-05-21 17:00:00 6.482149 6.482149 6.578280

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 5.079365 5.079365 6.346998
2021-05-26 17:00:00 6.208843 6.208843 6.416011
2021-05-25 17:00:00 2.962963 4.814815 6.275470
2021-05-24 17:00:00 5.281690 6.015038 6.064183
2021-05-23 17:00:00 6.390977 6.390977 6.081789
2021-05-22 17:00:00 11.149826 11.149826 6.118512
2021-05-21 17:00:00 7.419712 7.419712 6.282881

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 13.022113 13.022113 12.626266
2021-05-26 17:00:00 13.121272 13.121272 12.697406
2021-05-25 17:00:00 10.288066 10.288066 12.861490
2021-05-24 17:00:00 3.448276 12.240185 12.479149
2021-05-23 17:00:00 11.692308 11.692308 12.802667
2021-05-22 17:00:00 14.757709 14.757709 13.104569
2021-05-21 17:00:00 14.761905 14.761905 13.461698

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 6.661865 6.661865 6.028857
2021-05-26 17:00:00 6.231003 6.231003 6.223627
2021-05-25 17:00:00 3.840925 3.840925 6.225416
2021-05-24 17:00:00 5.733006 2.600297 6.149758
2021-05-23 17:00:00 6.490952 6.490952 6.320647
2021-05-22 17:00:00 6.333596 6.333596 6.386661
2021-05-21 17:00:00 9.270795 9.270795 6.532493

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 5.692012 5.692012 5.733205
2021-05-26 17:00:00 5.364283 5.364283 5.780850
2021-05-25 17:00:00 5.516685 5.516685 5.848572
2021-05-24 17:00:00 19.599218 4.282358 6.059521
2021-05-23 17:00:00 6.525353 6.525353 6.339588
2021-05-22 17:00:00 5.636472 5.636472 6.451514
2021-05-21 17:00:00 6.096506 6.096506 6.705793

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 12.301216 12.301216 12.984771
2021-05-26 17:00:00 8.665377 8.665377 13.026635
2021-05-25 17:00:00 6.945643 13.869715 13.049551
2021-05-24 17:00:00 25.609756 13.589301 13.387887
2021-05-23 17:00:00 13.230088 13.230088 13.691329
2021-05-22 17:00:00 10.695187 10.695187 13.943635
2021-05-21 17:00:00 19.807692 19.807692 14.346877

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 2.588235 2.588235 2.473825
2021-05-26 17:00:00 2.061856 2.061856 2.532177
2021-05-25 17:00:00 2.439024 2.439024 2.584626
2021-05-24 17:00:00 0.468384 2.526003 2.624411
2021-05-23 17:00:00 2.211127 2.211127 2.666416
2021-05-22 17:00:00 2.380952 2.380952 2.739480
2021-05-21 17:00:00 3.064516 3.064516 2.783241

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 3.579574 3.579574 3.074977
2021-05-26 17:00:00 2.578030 2.578030 3.085162
2021-05-25 17:00:00 2.464789 2.464789 3.075746
2021-05-24 17:00:00 5.368634 2.336748 3.069126
2021-05-23 17:00:00 3.967720 3.967720 3.113510
2021-05-22 17:00:00 3.135314 3.135314 3.165447
2021-05-21 17:00:00 3.569804 3.569804 3.248105

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 2.625938 2.625938 3.292969
2021-05-26 17:00:00 3.741153 3.741153 3.406021
2021-05-25 17:00:00 2.485457 2.485457 3.496132
2021-05-24 17:00:00 4.983660 3.269025 3.512268
2021-05-23 17:00:00 5.405405 3.131749 3.583148
2021-05-22 17:00:00 3.506721 3.506721 3.684418
2021-05-21 17:00:00 3.264925 3.264925 3.870754

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 5.162778 5.162778 5.347648
2021-05-26 17:00:00 5.070809 5.070809 5.428211
2021-05-25 17:00:00 4.389777 4.389777 5.451006
2021-05-24 17:00:00 3.570404 5.413431 5.444749
2021-05-23 17:00:00 5.629008 5.629008 5.505939
2021-05-22 17:00:00 5.434141 5.434141 5.615995
2021-05-21 17:00:00 5.704856 5.704856 5.753020

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 8.195849 8.195849 6.848931
2021-05-26 17:00:00 6.629834 6.629834 6.869206
2021-05-25 17:00:00 5.707932 5.707932 6.896284
2021-05-24 17:00:00 12.803532 3.143631 6.748320
2021-05-23 17:00:00 5.664373 5.664373 6.980769
2021-05-22 17:00:00 7.598784 7.598784 7.034568
2021-05-21 17:00:00 10.817455 10.817455 7.245523

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 2.217742 2.217742 1.255256
2021-05-26 17:00:00 2.008929 2.008929 1.275234
2021-05-25 17:00:00 0.282486 0.282486 1.241060
2021-05-24 17:00:00 0.609756 0.249377 1.219093
2021-05-23 17:00:00 1.145038 0.706714 1.286372
2021-05-22 17:00:00 0.797872 0.797872 1.313846
2021-05-21 17:00:00 1.906780 1.906780 1.399492

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 9.190672 9.190672 7.919527
2021-05-26 17:00:00 8.439898 8.439898 8.027725
2021-05-25 17:00:00 4.968944 8.170644 8.108395
2021-05-24 17:00:00 6.463878 8.408408 8.378723
2021-05-23 17:00:00 8.536585 8.536585 8.174884
2021-05-22 17:00:00 4.483837 4.483837 8.417024
2021-05-21 17:00:00 7.810321 7.810321 8.563662

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 5.221339 5.221339 4.250391
2021-05-26 17:00:00 4.433498 4.433498 4.401487
2021-05-25 17:00:00 3.370787 3.370787 4.450462
2021-05-24 17:00:00 8.771930 2.375297 4.353043
2021-05-23 17:00:00 7.951070 7.951070 4.419150
2021-05-22 17:00:00 2.507837 2.507837 4.427945
2021-05-21 17:00:00 3.968254 3.968254 4.505890

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 5.654649 5.654649 6.633122
2021-05-26 17:00:00 6.258941 6.258941 6.862372
2021-05-25 17:00:00 5.873526 5.873526 6.992878
2021-05-24 17:00:00 4.360346 6.641366 6.910903
2021-05-23 17:00:00 7.504846 7.504846 7.073778
2021-05-22 17:00:00 6.973501 6.973501 7.141854
2021-05-21 17:00:00 8.063192 8.063192 7.339192

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 16.608997 16.608997 16.919131
2021-05-26 17:00:00 9.825871 9.825871 17.500381
2021-05-25 17:00:00 13.276956 13.276956 17.381494
2021-05-24 17:00:00 8.852868 39.152120 17.257766
2021-05-23 17:00:00 23.702422 23.702422 17.801162
2021-05-22 17:00:00 17.631463 17.631463 18.232701
2021-05-21 17:00:00 16.598454 16.598454 18.786349

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 1.590909 1.590909 1.792366
2021-05-26 17:00:00 2.094886 2.094886 1.888126
2021-05-25 17:00:00 1.730532 1.730532 1.993652
2021-05-24 17:00:00 3.021148 1.232286 2.070052
2021-05-23 17:00:00 1.519757 1.519757 2.143063
2021-05-22 17:00:00 1.640881 1.640881 2.226116
2021-05-21 17:00:00 2.754098 2.754098 2.390580

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 6.465226 6.465226 6.164022
2021-05-26 17:00:00 5.207610 5.207610 6.285773
2021-05-25 17:00:00 5.530776 5.530776 6.253347
2021-05-24 17:00:00 7.840697 7.840697 6.134435
2021-05-23 17:00:00 5.026399 8.035903 6.073281
2021-05-22 17:00:00 5.774625 5.774625 6.093379
2021-05-21 17:00:00 5.840540 5.840540 6.144017

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 4.330121 4.330121 4.686815
2021-05-26 17:00:00 4.260238 4.260238 4.775800
2021-05-25 17:00:00 3.418124 3.418124 4.835697
2021-05-24 17:00:00 7.531509 3.844343 4.917241
2021-05-23 17:00:00 5.994037 5.994037 5.043722
2021-05-22 17:00:00 4.826749 4.826749 5.167676
2021-05-21 17:00:00 5.372807 5.372807 5.310153

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 3.980100 3.980100 6.146020
2021-05-26 17:00:00 4.915730 4.915730 6.248042
2021-05-25 17:00:00 7.227332 7.227332 6.494738
2021-05-24 17:00:00 5.882353 6.451613 6.406321
2021-05-23 17:00:00 6.451613 6.451613 6.617764
2021-05-22 17:00:00 6.779661 6.779661 6.756189
2021-05-21 17:00:00 7.922535 7.922535 7.009135

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 8.139535 8.139535 9.458685
2021-05-26 17:00:00 7.964602 7.964602 9.651390
2021-05-25 17:00:00 13.548387 13.548387 9.421778
2021-05-24 17:00:00 17.857143 17.857143 9.457226
2021-05-23 17:00:00 8.426966 8.426966 9.454151
2021-05-22 17:00:00 12.444444 5.777778 9.302072
2021-05-21 17:00:00 9.090909 9.090909 9.990171

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-27 17:00:00 8.962963 8.962963 7.754974
2021-05-26 17:00:00 6.052694 9.444444 7.953252
2021-05-25 17:00:00 6.129530 6.129530 8.139886
2021-05-24 17:00:00 11.709602 5.555556 8.109562
2021-05-23 17:00:00 7.319758 7.319758 8.285672
2021-05-22 17:00:00 5.958747 5.958747 8.486957
2021-05-21 17:00:00 10.406381 10.406381 8.885534

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.079365 5.079365 6.346998
Basilicata 13.022113 13.022113 12.626266
Calabria 6.661865 6.661865 6.028857
Campania 5.692012 5.692012 5.733205
Emilia-Romagna 12.301216 12.301216 12.984771
Friuli Venezia Giulia 2.588235 2.588235 2.473825
Lazio 3.579574 3.579574 3.074977
Liguria 2.625938 2.625938 3.292969
Lombardia 5.162778 5.162778 5.347648
Marche 8.195849 8.195849 6.848931
Molise 2.217742 2.217742 1.255256
P.A. Bolzano 9.190672 9.190672 7.919527
P.A. Trento 5.221339 5.221339 4.250391
Piemonte 5.654649 5.654649 6.633122
Puglia 16.608997 16.608997 16.919131
Sardegna 1.590909 1.590909 1.792366
Sicilia 6.465226 6.465226 6.164022
Toscana 4.330121 4.330121 4.686815
Umbria 3.980100 3.980100 6.146020
Valle d'Aosta 8.139535 8.139535 9.458685
Veneto 8.962963 8.962963 7.754974

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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